MedFusion医学 AI 研究验证核心运行时

MedFusion 是什么 ​

MedFusion 是一个面向 医学 AI 研究验证 的开源运行时。

它的重点不是只提供若干模型组件，而是把一条稳定的实验主链组织清楚：

配置检查 → 数据加载 → 模型训练 / 评估 → 结果构建 → 评估摘要 / 结果报告输出

如果你需要的是：

• 快速验证一个医学 AI 任务能不能跑通
• 在不同 backbone / fusion / head 之间做实验组合
• 为上层 Web、结果页或产品层沉淀稳定结果结构
• 把训练、validation 和报告产物规范化

那 MedFusion 的设计就是为这些事服务的。

第一次使用建议先做一件事：

• 先从 uv run medfusion start 理解推荐路径
• 再回到 YAML 主线真正执行一次
• 没有私有数据就先走公开数据集
• 成功一次之后再回头看配置、Builder 和架构

如果你想自己新建 YAML 或模型，先看 如何新建模型与 YAML。 当前建议很直接：

• 普通用户复制主链模板
• 高级用户走 Builder / 代码路径
• 真正新的模型能力先扩 runtime，再扩 YAML

你可以用它做什么 ​

1. 跑通自己的医学 AI 训练任务 ​

如果你已经有自己的数据和任务定义，推荐顺序是：

• 先用 medfusion start 看 Getting Started 和 Quickstart Run

• 再回到配置驱动主链真正执行

• CLI 与 Config 使用路径

• 快速入门指南

最小命令示例：

uv run medfusion validate-config --config configs/starter/quickstart.yaml
uv run medfusion train --config configs/starter/quickstart.yaml
uv run medfusion build-results \
  --config configs/starter/quickstart.yaml \
  --checkpoint outputs/quickstart/checkpoints/best.pth

2. 没有私有数据时先做 quick validation ​

如果你只是想先验证环境、流程和结果结构，当前首推对外演示路径就是：public-datasets -> train -> build-results

• 公开数据集快速验证清单

最小命令示例：

uv run medfusion public-datasets list
uv run medfusion public-datasets prepare medmnist-breastmnist --overwrite
uv run medfusion train --config configs/public_datasets/breastmnist_quickstart.yaml
uv run medfusion build-results \
  --config configs/public_datasets/breastmnist_quickstart.yaml \
  --checkpoint outputs/public_datasets/breastmnist_quickstart/checkpoints/best.pth

3. 为上层系统提供稳定结果 contract ​

MedFusion 输出的不只是模型 checkpoint，还包括一组更适合被系统消费的结果文件，例如：

• metrics/metrics.json
• metrics/validation.json
• reports/summary.json
• reports/report.md
• 区分能力曲线 / 混淆矩阵 / 校准曲线 / 注意力图等结果图示

这让它既适合研究验证，也适合作为上层产品或工作台的执行核心。

推荐阅读路径 ​

新用户 ​

1. Web UI 快速入门
2. CLI 与 Config 使用路径
3. 快速入门指南
4. 公开数据集快速验证清单
5. 如何新建模型与 YAML

研究 / 工程用户 ​

1. Core Runtime Architecture
2. API 文档总览
3. 快速参考

准备做演示或推广 ​

1. OSS 对外推广准备清单
2. 公开数据集快速验证清单
3. examples/README.md

核心能力概览 ​

配置驱动实验组织

• 通过 YAML 管理训练任务、数据、模型和输出路径
• 先做配置检查，再进入训练与结果构建

模块化模型能力

• 支持多种 backbone、fusion、head 和聚合方式
• 适合多模态、多视图和医学任务原型迭代

结果与报告闭环

• 输出标准化指标、逐例评估摘要和可读报告
• 方便结果页、模型库和后续分析流程复用

面向上层承接

• CLI 可直接运行
• Web 与产品层可围绕统一 contract 对接

文档入口 ​

• Web UI 快速入门 — 从 medfusion start、Getting Started 和 Quickstart Run 理解推荐首跑路径
• 快速开始 — 先理解当前最稳定的 YAML + CLI 主链
• 如何新建模型与 YAML — 先判断自己该复制 YAML、进 Builder，还是先扩 runtime
• 公开数据集验证 — 没有私有数据时的最快入口
• 教程 — 从基础概念到高级能力的系统学习路径
• API 文档 — 模块与接口参考
• 架构设计 — 理解运行时组织方式与边界
• 功能指南 — 常用命令、FAQ 与高级功能入口

社区与反馈 ​

• GitHub Issues — 问题反馈
• GitHub Discussions — 使用讨论与经验交流

OSS WebUI 设计 ​

• OSS WebUI 工作流 Spec — 固定新的工作流导向信息架构、tabs 职责和现有页面映射
• OSS WebUI 单页骨架图 — 用一张总览图快速解释整个 WebUI 的结构